Szkoła powstała w 2013 roku. Początkowo funkcjonowaliśmy jako Gimnazjum Wyspa JP2. Utworzyliśmy je jako dobrą alternatywę dla młodego człowieka w tym trudnym dla niego etapie rozwoju i poszukiwania siebie. Postanowiliśmy utworzyć miejsce, które nie będzie tylko „poczekalnią” w drodze do szkoły średniej, ale również miejscem, gdzie młody człowiek będzie mógł się w pełni rozwijać i kształtować swoje człowieczeństwo. Miejsce, gdzie nie będzie anonimowy, schowany za plecami grupy, ale jednostką świadomą swoich mocnych i słabych stron, która we współpracy z innymi stanowi mocny i zgrany zespół tworzący piękne dzieła.

W wyniku wprowadzonej w 2017 roku reformy oświaty, podjęliśmy decyzję o kontynuacji naszego działa jako Niepubliczna Szkoła Podstawowa Wyspa JP2, a dwa lata później utworzyliśmy również Liceum Ogólnokształcące. Odkrywamy wciąż nowy, szerszy i jeszcze bardziej fascynujący etap współtowarzyszenia naszym uczniom od 1 klasy podstawowej, aż do matury. Każdego dnia możemy obserwować tę piękną drogę ku rozwojowi naszych małych i coraz starszych podopiecznych. Jesteśmy bardzo dumni z ich sukcesów na polu naukowym i postępów jakie czynią w rozwoju osobistym i społecznym.

Pod koniec 2024 roku Wyspa opuściła swój dotychczasowy ląd przy ul. Radzymińskiej 118a i osiadła w nowej lokalizacji przy ul. Jagiellońskiej 61.